Tayikistán es un Estado sin litoral y el país más pequeño del Asia central. Se encuentra entre los 36º y 41º de latitud norte y los 67º y 75º de longitud este. Tiene numerosas montañas y cordilleras, incluyendo Tian Shan y Pamir. Más del 50% de la superficie terrestre del país se encuentra a una altitud de más de 3.000 metros sobre el nivel del mar, y su territorio se extiende más allá de los límites de la meseta del Pamir, con una altitud de más de 7.000 metros, parte del río Amu Darya y la cordillera de Zeravshan. Al norte, el sistema Pamir termina con la cumbre del comunismo (o Ismoil Somoni) a una altitud de 7.495 metros sobre los valles cubiertos de glaciares que cubren una superficie de más de 8.000 km². Estos glaciares son la mayor fuente de suministro de agua para el Mar de Aral.
El sur está formado por mesetas a más de 4.000 m de altura, de las que se forman cadenas montañosas de hasta 6.000 m. Los ríos más importantes son el Pyanj (Amu Darya Superior) y el Vakhsh. Los ríos Amu Darya y Pyanj forman la frontera con Afganistán.
Las únicas zonas de menor altitud son el fértil Valle de Fergana en el noroeste y los valles de los ríos Kofarnihon y Vakhsh, afluentes del Amu Daryi, en el suroeste. La capital Dushanbe se encuentra al pie norte del Valle de Kofarnihon.
El dos por ciento del territorio de Tayikistán está cubierto de lagos, los más importantes de los cuales son Kayrakum, Iskanderkul, Kulikalon, Nuremberg, Karakul, Saer, Shadau y Zorkul.
El territorio de la República Kirguisa está rodeado por dos enclaves pertenecientes a Tayikistán. Uno de ellos es Voruch, 45 km al sur de Ispara, con una superficie de 130 km2 y unos 26 000 habitantes, de los cuales el 95% son tayikos y el 5% kirguises. El otro es un pequeño asentamiento en la estación de Kairagi.